En genomisk undersøgelse af de svampe, der lever på vores hud, giver en ramme for at forstå, hvordan disse mikrober bidrager til hudens sundhed og sygdom.
Komplekse samfund af mikrober lever på overfladen af vores kroppe. Disse svampe, bakterier og vira er samlet kendt som hudmikrobiomet. Et team fra NIHs National Human Genome Research Institute (NHGRI) og National Cancer Institute (NCI) brugte tidligere genomiske teknikker til at undersøge hudbakterier. De fandt forskellige bakteriesamfund, der varierede mellem mennesker og efter hudsted. I deres nye undersøgelse brugte holdet en lignende genomisk tilgang til at få en bedre forståelse af de svampe, der lever på vores hud.
Svampe inkluderer skimmelsvampe, svampe og gæren, der bruges til at fermentere brød og øl. Disse mikrober har været forbundet med mange hudsygdomme og tilstande, herunder atletfod, eksem, skæl og tånegleinfektioner. Svampeinfektioner i huden påvirker anslået 29 millioner mennesker landsdækkende. Men svampe kan være langsomme og vanskelige at dyrke i laboratorier, hvilket gør svampeinfektioner svære at identificere og behandle.
den 22. maj 2013 indsamlede forskerne prøver på 14 kropssteder fra 10 raske voksne. De fokuserede på et fragment af DNA, der deles af alle svampe - den mellemliggende interne transkriberede afstandsstykke 1 (ITS1) af ribosomalt RNA - der kunne bruges til at klassificere svampe på slægteniveau med mere end 97% nøjagtighed.
Få det nyeste via e-mail
Ved at generere mere end 5 millioner ITS1-sekvenser fra prøverne var holdet i stand til at identificere mere end 80 svampetyper på slægteniveau, der lever på menneskelig hud. I modsætning hertil kunne traditionelle dyrkningsmetoder kun identificere 18 typer. blev fundet på alle hudstederne. var den dominerende type på 11 af de 14 steder, inklusive bag ørerne, i næseborene, på ryggen og på armene.
Holdet fandt ud af, at hæle, der ikke viser omfattende bakteriediversitet, var det mest komplekse sted for svampe med ca. 80 typer repræsenteret. Tåvæv med omkring 60 typer og tånegle med 40 havde de næsthøjeste niveauer af svampediversitet. Hænder og arme, som rummer en stor mangfoldighed af bakterier, havde relativt få typer svampe. Svampesamfund på kernekroppen var ret stabile over tid med lille ændring, når de blev testet med op til 3 måneders mellemrum. I modsætning hertil ændrede svampe på fødderne sig betydeligt over 3 måneder, hvilket måske afspejlede mere miljøbelastning.
Svampesamfundene på den menneskelige krop er komplekse og stedsspecifikke, ”siger medforfatter Dr. Heidi Kong fra NCI. Ved at få en mere komplet bevidsthed om svampe- og bakterieøkosystemerne kan vi bedre tackle tilknyttede hudsygdomme, herunder svampeinfektioner, som kan relateres til kræftbehandling.
Dataene fra vores undersøgelse giver os en basislinje om normale individer, som vi aldrig havde før, ”siger medforfatter Dr. Julie Segre fra NHGRI. Bundlinjen er, at dine fødder vrimler med svampediversitet, så brug dine flip-flops i omklædningsrum, hvis du ikke vil blande dine fodsvampe med en andens svampe.
